El jueves 6 de octubre, el presidente de la república, Andrés Manuel López Obrador (AMLO) hizo pública la carta que Tatiana Clouthier envió a presidencia haciendo del conocimiento del Ejecutivo Federal su renuncia como titular de la Secretaría de Economía, después de ocupar el cargo por 21 meses. Aunque la carta no señala el motivo específico de su separación, sí refiere que desde finales de julio deseaba retirarse del gobierno y reconoce que su tiempo para aportar a la transformación de México terminó y es hora de pasar de la titularidad al lado de la porra (al hacer un símil con el béisbol).
Algunos analistas sugieren que la renuncia de la ex secretaria de economía es producto de las decisiones que el ejecutivo federal ha tomado respecto a la incorporación de la Guardia Nacional al mando de las Fuerzas Armadas pues desde que Clouthier desempeñaba como vicecoordinadora de la bancada de Morena en la Cámara de Diputados, se oponía a que el mando fuera militar y cuestionaba la militarización del país con dicha propuesta. Ahora que efectivamente la Guardia Nacional se incorporó como una dependencia de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), el apoyo a la propuesta del PRI para extender la permanencia del Ejército Mexicano desarrollando actividades de seguridad pública por parte de Morena pudiera ser la gota que derramó el vaso.
Esta interpretación de los hechos coincide con la lectura que Manuel Clouthier, hermano de la ex secretaria, realizó desde su cuenta de twitter, en donde refiere que el tema de la Guardia Nacional debió haber pesado demasiado en la decisión que tomó su hermana y que es congruente con la postura que ya había manifestado desde la cámara baja. Adicionalmente, algunas figuras de la vida pública manifestaron su apoyo a la exsecretaria y agradecieron el trabajo que hizo al frente de la Secretaría de Economía por más de un año y medio.
Por otro lado, la propia Clouthier negó que existiera cualquier diferencia entre el presidente y ella, pues con bastante antelación anunció su retiro de la vida pública y su deseo de abandonar el cargo. No obstante, parece imposible que la renuncia se desvincule de una ruptura con la postura oficial sobre la participación del Ejército mexicano en las tareas de seguridad pública. Con la renuncia de Clouthier se acumulan 50 modificaciones al gabinete presidencial en lo que va de la presente administración. Aunque los motivos son diversos: posesión de otros cargos, participación de candidaturas o simplemente por motivos personales, Clouthier se estaría sumando a los funcionarios que renunciaron directamente al proyecto de la Cuarta Transformación, le antecede Carlos Urzúa (SHCP), Germán Martínez Cázares (IMSS), Javier Jiménez Espriú (SCT) y Julio Scherer (CJP).